W ramach czynności wyjaśniających funkcjonariusze Straży Ochrony Kolei, zgodnie z Kodeksem postępowania w sprawach o wykroczenia oraz Kodeksem postępowania karnego uprawnieni są do przeszukania pomieszczeń i innych miejsc oraz osoby, jej odzieży lub podręcznych przedmiotów w celu znalezienia i zatrzymania przedmiotów podlegających oględzinom lub mogących stanowić dowód rzeczowy. Przeszukanie wymaga jednak zatwierdzenia ze strony właściwego prokuratora, przez co stanowi rzadko wykorzystywane uprawnienie.
Funkcjonariusze Straży Ochrony Kolei uprawnieni są z mocy art. 60 Ustawy o transporcie kolejowym do niektórych czynności do których upoważnieni są funkcjonariusze Policji. Art. 60 określa między innymi następujące uprawnienia funkcjonariuszy Straży Ochrony Kolei: