Wraz z przybyciem na stację Sojuza MS-02 skład załogi zwiększył się do 6 osób. Dla Amerykanina Roberta Kimbrough'a był to drugi lot w kosmos, gdyż wcześniej uczestniczył w misji STS-126 wahadłowca Endeavour. Rosjanin Andriej Borisienko również po raz drugi znajdował się w kosmosie. Wcześniej uczestniczył on w misji Sojuz TMA-21 oraz w Ekspedycji 27 i jako dowódca w 28. stałej załodze ISS. Z kolei dla Siergieja Ryżykowa był to pierwszy lot w kosmos.
Załoga rezerwowa Załogę rezerwową stanowiły odpowiednie załogi rezerwowe Sojuza MS-01 i MS-02. Jako dublerzy pierwszej trójki załogi mianowani zostali: Oleg Nowicki, Roskosmos – wcześniej odbył jeden lot kosmiczny, Thomas Pesquet, ESA – wcześniej nie odbył żadnego lotu kosmicznego, Peggy Whitson, NASA – wcześniej odbyła dwa loty kosmiczne. Powyższa trójka astronautów stanowiła jednocześnie podstawowy skład załogi Sojuza MS-03 oraz Ekspedycji 50 i 51.
Rezerwową załogę drugiej trójki Ekspedycji 49 stanowili: Aleksandr Misurkin, Roskosmos – wcześniej odbył jeden lot kosmiczny, Nikołaj Tichonow, Roskosmos – wcześniej nie odbył żadnego lotu kosmicznego, Mark Vande Hei, NASA – wcześniej nie odbył żadnego lotu kosmicznego. Powyższa trójka astronautów stanowiła jednocześnie podstawowy skład załogi Sojuza MS-04 oraz Ekspedycji 51 i 52.