Początkowo są one białe i następuje w nich faza tworzenia zarodników bezpłciowych (konidiów), potem stają się żółte – to faza tworzenia chlamydospor. W miarę ich dojrzewania porażone miejsca stają się coraz ciemniejsze, brudnożółte. Zarodniki płciowe askospory są rzadko obserwowane. Powstają dopiero na ostatnim etapie gnicia zaatakowanego grzyba, gdy jest on już bezkształtną masą. Wytwarzane są w perytecjach, mają kształt od wrzecionowatego do lancetowatego i rozmiar 20–25 × 4–5 μm.
Zarodniki na różnych etapach rozwoju grzyba różnią się morfologią. W początkowym stadium, na etapie białym powstają bezpłciowo dwa rodzaje konidiów: cienkościenne, gładkie, bezbarwne, o rozmiarze 8–12 × 3,5–5,0 μm okrągłe, żółte, o rozmiarze 9–20 μm.
Gatunki podobne Jest wiele gatunków rodzaju Hypomyces. M.in. są to: podgrzybnica piestrzycowa (Hypomyces cervinus) preferuje piestrzyce (Helvella), podgrzybnica zniekształcająca (Hypomyces deformans) atakuje płomiennice (Flammulina) podgrzybnica ceglasta (Hypomyces lateritius) atakuje mleczaja rudego (Lactarius rufus) i mleczaja siarkowego (Lactarius theiogalus) podgrzybnica wełniankowa (Hypomyces torminosus) atakuje mleczaja wełniankę (Lactarius torminosus). Podgrzybnica złotopylna jest łatwa do makroskopowego odróżnienia po złocistożółtej barwie chlamydospor.