wiadomo jednak, że miał silne przekonania i nie sympatyzował z NSDAP, co musiał zdradzić w prywatnych rozmowach w obecności konfidentów. Dzień po aresztowaniu rozchorował się i został przewieziony do szpitala, gdzie przebywał przez 7 tygodni w towarzystwie między innymi profesorów i urzędników. Po wyjściu zmuszony został do podjęcia dalszego leczenia w jednej z klinik uniwersyteckich przez dwa miesiące. Po tym opuścił Austrię i wyemigrował do Szwajcarii. Po rekonwalescencji w szwajcarskich górach Hellmayr udał się do Londynu do British Museum (obecnie MHN w Londynie); następnie wrócił do Szwajcarii, do Genewy, by kontynuować pracę nad Catalogue.... We wrześniu 1942 trafił do szpitala w Chur. Pod koniec 1943 wraz z żoną, Kate Hellmayr, wyjechał do miejscowości Orselina nieopodal Locarno z nadzieją, że łagodniejszy klimat poprawi jego zdrowie. Mimo znacznego wycieńczenia Hellmayr kontynuował pracę nad Catalogue.... Zmarł nagle 24 lutego 1944 z powodu uremii.
Przez przyjaciół został zapamiętany jako kosmopolita, znawca ornitologicznych znamienitości swoich czasów, człowiek mało mówiący o sobie i podający w rozmowie wiele interesujących informacji na szeroki zakres tematów, pomocny i współczujący względem młodszych od siebie.