Faza grupowa Ligi Europy UEFA (2016/2017) miała na celu wyłonienie 24 drużyn uprawnionych do gry w fazie pucharowej Ligi Europy UEFA w sezonie 2016/2017. Rozgrywki wystartowały 15 września 2016 roku, a zakończyły się 9 grudnia tego samego roku. W każdej z grup, wszystkie zespoły grały ze sobą dwukrotnie w systemie mecz-rewanż.
Uczestnicy Spośród 48 zakwalifikowanych zespołów, 16 miało zagwarantowany udział w fazie grupowej dzięki rezultatom osiągniętym w krajowych rozgrywkach ligowych, a także pucharowych. Tak oto prawo startu od fazy grupowej Ligi Europy UEFA przysługiwało drużynom które: zwyciężyły w pucharowych rozgrywkach federacji sklasyfikowanych w rankingu lig krajowych UEFA na miejscach 1.-12. (12 drużyn)W przypadku gdy zwycięzca Pucharu danego kraju uzyskiwał jednocześnie prawo gry w Lidze Mistrzów miejsce to przechodziło na najwyżej sklasyfikowany zespół w ligowej tabeli bez prawa gry w Lidze Mistrzów. zajęły piąte miejsce w krajowych rozgrywkach federacji sklasyfikowanych w rankingu lig krajowych UEFA na miejscach 1.-3. (3 drużyny)W przypadku gdy zwycięzca Pucharu danego kraju uzyskiwał jednocześnie prawo gry w Lidze Mistrzów miejsce to przechodziło na drużynę sklasyfikowaną na miejscu 6. zajęły czwarte miejsce w krajowych rozgrywkach federacji sklasyfikowanej w rankingu lig krajowych UEFA na miejscu 4.