Dla większej ilości sekwencji stosuje się mikromacierze (ChIP-chip), klonowanie DNA połączone z sekwencjonowaniem (ChIP cloning) lub bezpośrednie sekwencjonowanie (ChIP-seq).
W badaniu przygotowuje się w ten sam sposób kontrolę negatywną. Może to być DNA przed procesem immunoprecypitacji (tzw. input DNA) lub po immunoprecypitacji, pomijając dodanie przeciwciała lub stosując nieswoiste przeciwciało (tzw. mock DNA). Wiązanie białka do DNA można określić jedynie porównując wynik immunoprecypitacji przeciwciałem swoistym z wynikiem uzyskanym w kontroli negatywnej.
Typy immunoprecypitacji chromatyny Wyróżnia się dwa główne typy ChIP – cross-linked ChIP (XChIP) i native ChIP (NChIP).
Cross-linked ChIP (XChIP) XChiP (ang. cross-linked ChIP) wykorzystuje odwracalnie sieciowaną (utrwaloną) chromatynę, zwykle fragmentowaną przez sonikację. Stosowana jest głównie w badaniach oddziaływań białek luźno związanych z chromatyną, np. czynników transkrypcyjnych. Może być stosowana we wszystkich typach komórek i tkanek. Jednakże zbyt długa inkubacja z formaldehydem powoduje denaturację białek, maskowanie epitopów i utrudnia sonikację. Może dochodzić do utrwalania przypadkowych oddziaływań białko-DNA, co prowadzi do fałszywie pozytywnego wyniku. Jest najczęściej stosowanym typem immuniprecypitacji chromatyny.