Rozwinęły się u nich także mięśnie umożliwiające szczękom gardłowym udział w miażdżeniu pokarmu, a nie tylko w jego transporcie.

Płetwa ogonowa doskonałokostnych jest homocerkiczna (oznacza to podobną wielkość górnego i dolnego płata). Kręgosłup kończy się w trzonie ogonowym u podstawy płetwy ogonowej, co odróżnia rzeczony takson od tych grup, u których kręgosłup wstępuje do górnego płata płetwy ogonowej – było tak u większości ryb paleozoicznych. Łuki nerwowe są wydłużone (struktury zwane uroneuralia), zapewniające wsparcie górnemu płatowi płetwy ogonowej. Dodatkowo występują hypuralia, spłaszczone płytki podogonowe położone na tylnym końcu kręgosłupa, zapewniające wsparcie dla promieni płetwy ogonowej. Ogólnie doskonałokostne są szybsze i bardziej giętkie, niż większość bardziej bazalnych ryb kostnych. Budowa ich szkieletu ewoluowała ku większej lekkości. Ich kości są dobrze uwapnione, jednak budowa ich opiera się raczej na rusztowaniu rozpórek, niż na gęstszej istocie gąbczastej, jak u przejściowców (pełnokostnych). Co więcej, żuchwa doskonałokostnych jest zredukowana do trzech kości;