Zginął tragicznie 20 sierpnia 1989 w czasie Mistrzostw Świata w akrobacji szybowcowej w niemieckiej miejscowości Hockenheim wykonując skomplikowany manewr na wysokości około 300 metrów. Przyczyną tragedii było oderwanie się skrzydeł w szybowcu Kobuz. Tragedia wywołała lawinę krytyki pod adresem władz polskiego lotnictwa sportowego, które obarczano winą za fakt, że polscy piloci latają na przestarzałym sprzęcie„Cztery sekundy życia”, Jerzy Iwaszkiewicz, Sportowiec, nr. 33 (2004), 1 września 1989.„Ostatni lot Kobuza”, Stanisław Bubin, Prawo i Życie, nr. 35 (1287), 2 września 1989.„Czy Krzysztof Wyskiel musiał zginąć?”, Jacek Stachiewicz, Nowiny, nr. 208 (12510), 9-10.09.1989.. Po katastrofie Kobuzy (produkowane w latach 60. XX wieku) wycofano z eksploatacji.
thumb|240px|Nagrobek Krzysztofa Wyskiela Został pochowany na cmentarzu komunalnym Wilkowyja w Rzeszowie. Był żonaty, miał córki.
W ramach XXX plebiscytu na najpopularniejszego sportowca Polski południowo-wschodniej, organizowanego przez dziennik „Nowiny”, otrzymał pośmiertnie tytuł honorowego sportowca roku 1989
29 sierpnia 2023 roku Rada Miasta Rzeszowa nadała imię Krzysztofa Wyskiela skwerowi na osiedlu Baranówka.