RNA zawarte w roztworze można oczyszczać, stosując ekstrakcję fenolowo-chloroformową.
Ocena jakościowa i ilościowa ekstraktów RNA Metoda elektroforetyczna thumb|Prążki RNA po elektroforeziea: DNA genomoweb: 28S-rRNAc: 18S-rRNAd: 5S-rRNA Za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym można rozdzielić kwasy nukleinowe według wielkości. Pod wpływem przyłożonego napięcia ujemnie naładowane grupy fosforanowe przemieszczają się w stronę dodatniej anody, a mniejsze fragmenty migrują przez żel szybciej niż większe. Rozdział ten musi przebiegać w warunkach denaturujących, ponieważ RNA ma tendencję do tworzenia skomplikowanych struktur drugo- i trzeciorzędowych, które zaburzają migrację RNA w żelu. W tym celu najczęściej stosuje się formaldehyd, formamid lub glioksal. Po rozdziale elektroforetycznym powinny być widoczne wyraźne, jednolite prążki złożone z frakcji 28S i 18S rybosomalnego RNA, co wskazuje na brak degradacji wyizolowanego RNA. Stosunek intensywności prążków 28S i 18S wynoszący 2:1 świadczy o jego dobrej jakości preparatu .