Jednak starania Zwingliego zakończyły się niepowodzeniem, dlatego w 1531 wezwał zreformowane kantony do dalszej redukcji kantonów leśnych. Zamiast tego Berno zainicjowało bezużyteczną politykę sankcji gospodarczych, która sprowokowała atak kantonów leśnych na Zurych w październiku 1530. W wyniku drugiej wojny kappelskiej Zwingli, który towarzyszył siłom z Zurychu jako kapelan, zginął w trakcie bitwy pod Kappel. Podczas walki został pojmany. Przed śmiercią oferowano mu darowanie życia, o ile przystąpi do spowiedzi. Kiedy odmówił, został zabity mieczem. Następnie jego ciało zostało poćwiartowane i spalone. Miejsce, w którym zginął jest upamiętnione obecnie głazem z wyrytym napisem.
Kładł silny nacisk na boską suwerenność, choć była ona osłabiana przez łagodniejszy pogląd na grzech pierworodny i szeroką nadzieję na zbawienie. Odrzucał sakrament jako środek do uzyskania łaski i jako formę interwencji między duszą a Bogiem, co leży u podstaw pogłębionej koncepcji innych przywódców reformacji, takich jak: Bullinger, Pietro Martire Vermigli i Jan Kalwin. Mimo że akceptował władzę świecką w administracji kościelnej sprawowaną przez sobór, jego działania zapobiegły podporządkowaniu zwinglianizmu erastianizmowi oraz luteranizmowi, jak i wyczerpującym konfliktom, takim jak w Genewie.