W sierpniu ujawniono, że Fassbender wcieli się w Calluma Lyncha oraz jego przodka, piętnastowiecznego hiszpańskiego asasyna Aguilara.

Okres zdjęciowy Główny okres zdjęciowy filmu rozpoczął się 31 sierpnia 2015, a zdjęcia realizowano na Malcie, w Londynie, Hiszpanii oraz studio 007 Stage w Pinewood Studios. Za zdjęcia odpowiadał Adam Arkapaw, a za scenografie Andy Nicholson. W październiku do obsady dołączyli Jeremy Irons i Brendan Gleeson. W grudniu zdjęcia przeniesiono do Hiszpanii, wyjawiono również, że Irons wciela się w rolę Alana Rikkina, dyrektora generalnego Abstergo Industries. Główny okres zdjęciowy zakończył się 15 stycznia 2016 roku, zaś w lipcu zrealizowano dodatkowe zdjęcia w katedrze w Ely.

W maju 2016 ujawniono, że ścieżkę dźwiękową do filmu skomponuje brat reżysera, Jed Kurzel.

Premiera Pierwotna premiera filmu, ogłoszona w maju 2013, planowana była na 22 maja 2015, została jednak przesunięta na 19 czerwca. W listopadzie 2013 została przesunięta po raz kolejny, na 7 sierpnia. W październiku 2014 ogłoszono, że film zadebiutuje dopiero w 2016 roku.