Dokumentów do procesu licencyjnego nie zgłosił WKS Śląsk Wrocław w związku z czym drużyna ta nie będzie występować w Polskiej Lidze Koszykówki w sezonie 2016/17.
29 lipca PLK ogłosiła, iż licencje na grę w tych rozgrywkach w sezonie 2016/2017 otrzymało 15 klubów: Anwil Włocławek, Asseco Gdynia, AZS Koszalin, BM Slam Stal Ostrów Wielkopolski, Energa Czarni Słupsk, King Szczecin, Miasto Szkła Krosno, MKS Dąbrowa Górnicza, PGE Turów Zgorzelec, Polpharma Starogard Gdański, Polski Cukier Toruń, Rosa Radom, Siarka Tarnobrzeg, TBV Start Lublin oraz Trefl Sopot. Pozostałe 2 zespoły: Polfarmex Kutno, Stelmet BC Zielona Góra nie otrzymały licencji w pierwszym terminie, zachowały jednak prawo odwołania od decyzji Zarządu PLK do Komisji Odwoławczej Polskiego Związku Koszykówki w ciągu 7 dni od ogłoszenia pierwotnej decyzji. Po odwołaniu wszystkie te kluby uzyskały licencje na grę w Polskiej Lidze Koszykówki w sezonie 2016/2017.
System rozgrywek Sezon 2016/2017 w polskiej lidze koszykówki zostanie zainaugurowany meczem o Superpuchar Polski, który zostanie rozegrany 2 października 2016 roku.