Początek budowy sięga roku 1209. Świątynia powstała w miejscu stojącego tu już w XII wieku kościoła drewnianego. Pierwszą wzmiankę o kościele pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny można natrafić w akcie nadania praw miejskich dla Lwówka Śląskiego w 1217 roku wydanego przez księcia Henryka I Brodatego panującego tu w latach 1201–1238. Na poświęcenie kościoła przybył osobiście biskup wrocławski Tomasz. Biskup odprawił pierwszą w tym kościele Mszę Świętą.
Za Henryka V Piasta kościół ten został oddany rycerskiemu Zakonowi Joannitów. Na miejscu pierwotnej świątyni Joannici rozpoczęli budowę nowego, większego kościoła. Zakon joannitów rozpoczął budowę około 1300 roku. Z pierwotnej budowli, późnoromańskiej bazyliki murowanej z ciosów kamiennych, zachowała się do dziś tylko fasada zachodnia z wieżami. XIV-wieczne wstrząsy polityczne wstrzymały na pewien czas dalszą rozbudowę świątyni. Dopiero w XV wieku wznowiono prowadzenie prac. Z tego okresu pochodzą nawy i prezbiterium. Rozbudowę ostatecznie zakończono w XVI wieku.