Późniejsze lata Kranz kontynuował pracę na stanowisku kierownika lotu do misji Apollo 17, podczas której po raz ostatni służył jako kierownik lotu nadzorując start z Ziemi. Później, w 1974 roku, został awansowany na Zastępcę Dyrektora Wydziału Operacji Kosmicznych (ang. NASA Mission Operations), w 1983 roku został jego dyrektorem. Kontynuował pracę w kontroli misji z kontrolerami, projektantami lotów. planistami i instruktorami. Otrzymywał zadania związane ze wszystkimi aspektami operacji prowadzonych przez promy kosmiczne. Podczas pierwszej misji promu kosmicznego (STS-1) był odpowiedzialny za ustalenie, w jakim stanie znajduje się osłona termiczna Columbii, po zgłoszeniu przez załogę jej widocznych uszkodzeń. Przeszedł na emeryturę w marcu 1994 roku po udanej misji STS-61, której celem była naprawa Teleskopu Hubble’a. Będąc na emeryturze Kranz napisał autobiografię pt. Porażka nie wchodzi w grę, a także rozwijał swoje pasje lotnicze: skonstruował dwupłatowiec akrobacyjny oraz latał w odrestaurowanym B-17. Nadal występuje publicznie m.in. wygłaszając prelekcje związane ze swoimi doświadczeniami w programie kosmicznym.
Rodzina Gene i Marta Kranz mają sześcioro dzieci: Carmen (ur.