Gdy w 1643 roku szwedzka armia pod wodzą Lennarta Torstenssona zaatakowała Półwysep Jutlandzki, Bille przy pomocy zmobilizowanych w pośpiechu oddziałów dowodził obroną w szańcach na półwyspie Bersodde i po drugiej stronie cieśniny Mały Bełt. W 1644 wycofał się wraz ze swymi oddziałami na Fionię, a następnie poprowadził udany atak na szwedzką flotę transportową, uniemożliwiając tym samym Torstenssonowi przeprowadzenie desantu na Fionii. Podczas kolejnej kampanii powierzono mu zadanie obrony Jutlandii wespół z księciem Holsztynu Fryderykiem Oldenburgiem, późniejszym duńskim królem Fryderykiem III. Z uwagi na konflikt pomiędzy oboma dowódcami obrona ta zakończyła się jednak niepowodzeniem.
Po zawarciu pokoju w Brömsebro w 1645 roku i zakończeniu wojny ze Szwecją, Bille podjął próbę doprowadzenia do reformy duńskiej armii. Zaproponował w tym celu utworzenie ministerstwa wojny, wprowadzenie podatku wojskowego, a także budowę sieci twierdz i fortów na obszarze całego kraju. Ponownie sięgnął także po plany wzniesienia twierdzy Fredericia. Podczas wznoszenia twierdzy współpracował z inżynierem Georgiem Hoffmanem przy budowie bastionów i wałów obronnych.