W 1990 utracił stanowisko ministra obrony na rzecz Kiço Mustaqiego.
Mandat deputowanego do Zgromadzenia Ludowego uzyskał po raz pierwszy w 1962. Funkcję tę sprawował także w dziewięciu kolejnych legislaturach.
W 1993 stanął przed sądem w Tiranie oskarżony w jednym z procesów dekomunizacyjnych. Murra, podobnie jak dziewięciu innych wysokich funkcjonariuszy państwa komunistycznego został oskarżony o nadużycie władzy i nadużycia finansowe. Podobnie jak Vangjel Çërrava i Muho Asllani został skazany na karę pięciu lat więzienia. W 1996 ponownie stanął przed sądem, oskarżony o „zbrodnie przeciwko ludzkości”. W sierpniu 1996 Sąd Okręgowy w Tiranie skazał Murrę na karę dożywotniego pozbawienia wolności, zamienioną potem na 20 lat więzienia. Po wydarzeniach 1997 opuścił więzienie, a następnie skorzystał z dobrodziejstwa amnestii.
W lutym 2016 Gjergji Murra, syn Prokopa został mianowany szefem instytucji zajmującej się rozdzielaniem funduszy Unii Europejskiej, przeznaczonych dla Bałkanów Zachodnich“Djali i Prokop Murrës caktohet në krye të Fondit të BE-së për Ballkanin Perëndimor”..