Początki działalności Biblioteki były bardzo trudne. Skromne warunki lokalowe w poklasztornych obiektach na warszawskich Bielanach oraz zbyt mała liczba pracowników utrudniały jej funkcjonowanie. Zbiory były rozlokowane w różnych częściach gmachu, w różnych salach i na korytarzach, co znacznie utrudniało dostęp do nich. W marcu 1955 roku oddano do dyspozycji środowiska akademickiego czytelnię główną, gdzie udostępniano zbiory podręczne. W dniu 1 października 1955 roku pierwszy rektor ATK, ks. prof. dr hab. Jan Czuj, zatwierdził statut biblioteki, a 1 grudnia 1955 roku – regulaminy. Wzorem struktur bibliotek szkół wyższych utworzono działy: gromadzenia i opracowania druków zwartych oraz czasopism, magazyn oraz dział udostępniania z czytelnią główną, czytelnią czasopism i wypożyczalnią.