W trosce o stan księgozbiorów nawiązano współpracę z innymi ośrodkami naukowymi i uczelniami, np. Akademią Sztuk Pięknych w Warszawie, gdzie w ramach prac dyplomowych i naukowych przeprowadzano konserwację inkunabułów i starych druków.
Lata 90. to początek informatyzacji Biblioteki Głównej. W latach 1993–1996 Biblioteka została skomputeryzowana i rozpoczęła tworzenie elektronicznego katalogu druków zwartych oraz starych druków w programie MAK. W 1995 roku stała się, wraz z Biblioteką Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie oraz z Biblioteką Metropolitarnego Seminarium Duchownego w Warszawie, współzałożycielem Federacji Bibliotek Kościelnych „FIDES”, której jednym z zasadniczych celów jest komputeryzacja prac bibliotecznych. W 1997 roku Biblioteka uzyskała dostęp do Internetu i utworzyła własną stronę www.
W 1999 roku Akademię Teologii Katolickiej przekształcono w Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego. Bibliotekę Główną przeniesiono do nowo oddanego budynku dydaktycznego.
Zbiory Biblioteka Główna UKSW gromadzi, przechowuje i udostępnia literaturę o charakterze uniwersalnym, z przewagą piśmiennictwa z zakresu nauk humanistycznych, teologicznych, społecznych, prawnych oraz od pocz. XXI w.