król Zygmunt I Stary potwierdził nabyty przywilej dla Jana, Stanisława i Macieja Dłutowskich herbu Wąż. Prawa miejskie nie zostały uwzględnione w spisie miejscowości z 1578 r., który umieścił Dłutowo pośród innych wsi. W 1411 r. na osadę napadli Krzyżacy, podpalając zabudowania i grabiąc jej mieszkańców. W 1658 r. w wyniku potopu szwedzkiego wieś ponownie spalono wraz z kościołem, który odbudowano dopiero około 1690 r. z inicjatywy Kazimierza Rudzińskiego. W 1793 r. po drugim rozbiorze Polski Dłutowo przeszło we władanie Królestwa Prus, a w 1807 r. w wyniku wojen napoleońskich zostało wcielone do Księstwa Warszawskiego. W 1815 r. kongres wiedeński włączył miejscowość do Królestwa Polskiego w Cesarstwie Rosyjskim, z którym była związana do odzyskania niepodległości przez Polskę w 1918 r..
Do 1797 r. właścicielem dłutowskiego majątku był Kajetan Skopowski, a następnie do 1813 r. Adam Zalewski (założyciel wsi Adamowo i Zalesie). W latach 1813–1839 majątkiem władały jego córki – Amalia Krempska i Harentyna Bromirska, a następnie Dłutowo wykupił w drodze licytacji Konstanty Tabęcki. Posiadłości rodzinne dziedziczyli w dalszej kolejności jego potomkowie, wśród których byli Lucjan i Maria Aniela Wrotnowscy. W 1827 r. Dłutowo liczyło 301 mieszkańców oraz 42 domy. Natomiast w 1881 r.