Podczas II wojny światowej fort ponownie przetrzymał oblężenie, uzbrojony jedynie w trzy działa Boforsa (obsługiwane przez Royal Marines, a później przez Royal Malta Artillery). Ogółem, w latach 1940-1943, fort został trafiony bezpośrednio 69 razy. Kiedy w roku 1979 Royal Navy opuściła Maltę, fort został przekazany w ręce rządu maltańskiego, i od tego czasu został częściowo zaniedbany, zwłaszcza w latach 1980., kiedy projektowano przekształcić go w hotel.
Historia bieżąca thumb|Flagi Malty oraz Zakonu Maltańskiego na forcie.
5 grudnia 1998 roku została podpisana umowa pomiędzy Maltą a Suwerennym Rycerskim Zakonem Szpitalników Świętego Jana, w myśl której Zakon otrzymał górną część fortu Świętego Anioła, włączając w to Dom Wielkiego Mistrza (Grand Master’s House) i kaplicę św. Anny (Chapel of St Anne), z ograniczoną eksterytorialnością. Celem tego jest „danie Zakonowi możliwości lepszego wykonywania swoich działań humanitarnych jako Rycerze Szpitalnicy z Saint Angelo, jak również w celu lepszego określenia stanu prawnego Saint Angelo, niepodlegającego władzy państwa maltańskiego nad nim”.