Bateria została zmodyfikowana w XVII i XVIII wieku, a następnie przez Brytyjczyków.
Większa część współcześnie istniejącego układu fortu została ukształtowana podczas jego przebudowy w latach 1690. Poza elementami dodanymi przez Grunenbergha, znajdowały się tam cztery baterie, skierowane ku wejściu do Grand Harbour. Baterie nr 1, nr 2 i nr 4 zostały mocno zmodyfikowane przez Brytyjczyków, kiedy bateria nr 3 pozostała w większości niezmieniona.
Pochówki w forcie Pierwotnie w kaplicy fortu St. Angelo pochowano czterech Wielkich Mistrzów: Philippe Villiers de L’Isle Adam († 1534) Piero de Ponte († 1535) Juan de Homedes († 1553) Claude de la Sengle († 1557) Pod koniec XVI wieku ich szczątki zostały przeniesione do krypty w konkatedrze św. Jana w Valletcie.
Historia z duchami Fort był rzekomo nawiedzany przez Grey Lady, kochankę kasztelana De Nava. Przekaz mówi, że wyrzucała ona kasztelanowi, że nie ma takiej samej pozycji, jak jego żona. Ten, obawiając się upublicznienia romansu, kazał strażnikom pozbyć się jej z zamku. Ci zabili ją, a jej ciało zamurowali w zamkowych lochach. Kiedy De Nava dowiedział się, że strażnicy uśmiercili jego kochankę, zamiast ją odesłać z zamku, rozkazał ich też zgładzić.