Wśród nich znajdują się między innymi: szmaragdolotka krasnolica (Psittacara erythrogenys), hełmiatka czerwonooka (Netta erythrophthalma) i sokół wędrowny (Falco peregrinus). U ujścia rzeki Chone spotyka się drzemliki (Falco columbarius). Wiele gatunków czapli wykorzystuje La Seguę jako obszar gniazdowania. Zaliczają się do nich czaple złotawe (Bubulcus ibis), czaple śnieżne (Egretta thula), czaple białe (Ardea alba) i czaple zielonawe (Butorides striata).
Na obszarze zarejestrowano także występowanie czterech gatunków gadów: kajmana okularowego (Caiman crocodilus), żółwia jaszczurowatego (Chelydra serpentina), legwana zielonego (Iguana iguana) i boa dusiciela (Boa constrictor). Spośród płazów zaobserwowano występowanie wyłącznie przedstawicieli rodzaju Leptodactylus. W wodach La Segui żyje natomiast 12 gatunków ryb, między innymi akara pomarańczowopłetwa (Andinoacara rivulatus), a także introdukowane tilapia nilowa (Oreochromis niloticus) i tilapia mozambijska (Oreochromis mossambicus).