Nominacja ta wzbudziła liczne kontrowersje i wywołała protesty różnych środowisk w tym organizacji pozarządowych. Ujawniono, że w połowie lat 90. Zlatko Hasanbegović był autorem artykułów pochwalających działalność ustaszy, chorwackiego ruchu faszystowskiego z okresu II wojny światowej. Publikował je w periodyku noszącym taką samą nazwę jak Niepodległe Państwo Chorwackie i wydawanym przez Chorwacki Ruch Wyzwoleńczy (HOP), który założył Ante Pavelić. Polityk publicznie wówczas określił zbrodnie ustaszy jako największą moralną porażkę w historii Chorwatów, a jednocześnie zaprzeczył, by sam był członkiem HOP-u. Zlatko Hasanbegović był określany jako „rewizjonista”, zarzucano mu, że uczestniczył w obchodach na cześć ustaszy, zaniżał w publicznych wypowiedziach liczbę ofiar obozu koncentracyjnego Jasenovac, dyskredytował działania chorwackiej antykomunistycznej partyzantki, a także twierdził, że antyfaszyzm nie należy do podstaw ideologicznych Chorwacji. Już jako minister odmówił dalszego dofinansowania dla niedochodowych mediów internetowych (głównie lewicowych i liberalnych), zarzucano mu także doprowadzenie do zwolnień w mediach publicznych, co skutkowało m.in. protestami dziennikarzy.