W myśl rozkazu Berii stracone miały zostać osoby skazane za „działalność kontrrewolucyjną”, „działalność antysowiecką”, sabotaż i dywersję, a także więźniowie polityczni znajdujący się w śledztwie.
Przebieg masakry Z dokumentów odnalezionych w archiwach sowieckich wynika, że stan osadzonych w samborskim więzieniu na dzień 10 czerwca 1941 roku wynosił 1310 osób. Trudno określić ilu dokładnie więźniów przebywało w celach w momencie rozpoczęcia inwazji niemieckiej. Bogdan Musiał szacował ich liczbę na około 600–700 osób. Wiadomo, że liczba osadzonych wzrosła po 22 czerwca 1941 roku, gdyż w związku z wybuchem wojny NKWD rozpoczęło masowe aresztowania prawdziwych i domniemanych wrogów władzy sowieckiej. Aresztowanych wówczas osób nie zdążono zarejestrować w ewidencji więziennej.
Prawdopodobnie likwidacja więźniów rozpoczęła się już w pierwszym dniu wojny. Początkowo Sowieci próbowali nadać egzekucjom pozór praworządności. Z tego względu ofiary wywoływano z cel grupami po 5–10 osób, a następnie doprowadzano do budynku, w którym obradował sąd wojenny. Po błyskawicznie przeprowadzonej „rozprawie” więźniów zabierano do więziennej piwnicy i tam mordowano strzałem w potylicę. Zwłoki układano warstwami w celach piwnicznych. Więźniów rozstrzeliwano w ten sposób przez około 4–5 dni.