Reaktywacja 3 września 1998 roku o. Cassian Folsom, mnich z amerykańskiego archiopactwa św. Meinrada i wykładowca liturgiki na Anselmianum, założył w Rzymie benedyktyńską wspólnotę Matki Bożej Sedes Sapientiæ , zatwierdzoną przez Stolicę Apostolską w 1999 roku. 2 grudnia 2000 roku mnisi amerykańskiego pochodzenia przybyli do klasztoru w Nursji na zaproszenie arcybiskupa Spoleto-Nursji Riccardo Fontany.
Podczas swojej wizyty w klasztorze w 2003 roku, kardynał Joseph Ratzinger poświęcił nową bibliotekę. W 2004 roku mnisi nagrali pierwszą własną płytę ze śpiewami chorału gregoriańskiego. W 2007 roku zakonnicy zakupili posiadłość Fuori le Mura z ruinami XVI-wiecznego pokapucyńskiego klasztoru.
Od 2009 roku, za zgodą Papieskiej Komisji Ecclesia Dei, mnisi rozpoczęli celebrację liturgii w klasycznym rycie rzymskim, równolegle ze zreformowaną po soborze watykańskim II. Następnie benedyktyni przeszli na celebrację w starym rycie na sposób wyłączny.
W 2012 roku klasztor został włączony do Konfederacji Benedyktyńskiej przez opata-prymasa zakonu. W tym samym roku przy klasztorze powstał browar, gdzie produkowane jest piwo Birra Nursia. Mnisi obdarowali trunkiem papieża Benedykta XVI, a także dostarczyli go na konklawe w 2013 roku.