W dniu 28 października wszystkie kompanie rozformowywanych batalionów winny odejść do miejsc nowego przeznaczenia.
W listopadzie 1921 Ministerstwo Spraw Wewnętrznych postanowiło powołać brygady celne. 5 batalion celny wszedł w struktury 2 Brygady Celnej.
Na przełomie 1921–1922 5 batalion celny przekazał swój odcinek graniczny nowo powstałemu Inspektoratowi Straży Celnej „Praszka” i niedługo potem rozwiązany.
Służba celna 17 maja 1921 Główna Komenda Batalionów Celnych zarządziła zmiany dyslokacyjne batalionów. 5 batalion celny miał ochraniać odcinek granicy od Bolesławca do Kamieńska. Sztab batalionu rozlokowany miał być w Prażce.
Odcinek batalionowy podzielony był na cztery pododcinki, które obsadzały kompanie wystawiające posterunki i patrole. Posterunki wystawiano wzdłuż linii granicznej w taki sposób, by mogły się nawzajem widzieć w dzień. W tym zakresie batalion współpracował z posterunkami i patrolami Policji Państwowej. Współpraca polegała na tym, że te pierwsze wystawiały wzdłuż linii granicznej stale posterunki i patrole, natomiast policja tworzyła je w głębi strefy, poza linią graniczną.