Rozkazem tajnym nr 10 z 7 października 1921 Komendant Główny Batalionów Celnych nakazał likwidację batalionów nr 14., 17. i 18. W myśl tego rozkazu 14 batalion celny miał przekazać swoją 3 kompanię do 9 batalionu celnego w Oświęcimiu. W dniu 28 października wszystkie kompanie rozformowywanych batalionów winny odejść do miejsc nowego przeznaczenia.
W listopadzie 1921 Ministerstwo Spraw Wewnętrznych postanowiło powołać brygady celne. 9 batalion celny powstał na bazie 4/V batalionu wartowniczego. Wszedł w struktury 2 Brygady Celnej.
W czerwcu 1922 przestała istnieć celna granica polsko-śląska na odcinku przyznanym Rzeczypospolitej. Zatem jej ochrona stała się bezprzedmiotowa. 9 batalion celny otrzymał zadanie zgrupować wszystkie kompanie w miejscu postoju dowództwa, odtworzyć zdolność bojową i być w gotowości do przerzutu na inny odcinek.
W sierpniu 1922 batalion przegrupował się na granice wschodnią. Sztab batalionu rozlokował się w Duksztach, a jego kompanie w Smołwach, majątku Dukszty, Zygunach i Duksztach.
Wykonując postanowienia uchwały Rady Ministrów z 23 maja 1922, Minister Spraw Wewnętrznych rozkazem z 9 listopada 1922 zmienił nazwę „Baony Celne” na „Straż Graniczna”. Wprowadził jednocześnie w formacji nową organizację wewnętrzną.