thumb|Carafa Enceinte (Centrum obronne Carafy). Wieże na szczytach bastionów to betonowe struktury obronne z okresu II wojny światowej. W XVII wieku fort był kilkakrotnie modyfikowany. W roku 1614 zbudowany został Vendôme Bastion, a w roku 1687 na skale przybrzeżnej zbudowano Carafa Enceinte, osłaniające fort dookoła. W późnych latach XVII wieku fort został bezpośrednio połączony z nadszańcem, i część rowu obronnego została w czasie prac wypełniona, grzebiąc niektóre z oryginalnych murów obronnych. W XVIII wieku na bastionie Vendoma zbudowany został nowy magazyn prochu (polverista), a pomiędzy głównym fortem a Carafa Enceinte zbudowano składy. Znane są one jako Składy Pinto (Pinto Stores) i otaczają one teren znany jako Lower Saint Elmo.
8 września 1775 roku fort St. Elmo został zajęty przez 13 zbuntowanych księży, równocześnie z Saint James Cavalier w fortyfikacjach Valletty od strony lądowej, co znane jest jako powstanie księży. Flaga Zakonu została opuszczona, i zastąpiono ją chorągwią św. Pawła. Zakonowi udało się odbić fort, także rebelianci z przeciwnej strony miasta poddali się. Ostatecznie osądzono ich, trzech zostało straconych, reszta wygnana z wyspy lub uwięziona.