Historia Poprzednikiem Obserwatorium Siding Spring było Obserwatorium Mount Stromlo założone w 1924 roku w pobliżu stolicy Australii – Canberry. Było to początkowo obserwatorium słoneczne należące do Brytyjskiej Wspólnoty Narodów. Po II wojnie światowej zajęło się obserwacjami gwiazd i galaktyk. W 1957 roku zostało przejęte przez Australian National University. Wzrastające zanieczyszczenie świetlne od rozbudowującej się stolicy spowodowało konieczność budowy nowego obserwatorium z dala od terenów miejskich, by zapewnić jak najlepsze warunki do nocnych obserwacji nieba. Na miejsce budowy wybrano górę Siding Spring w górach Warrumbungles (Warrumbungle Mountains).
Obserwatorium Siding Spring rozpoczęło pracę w 1964 roku. Organizacyjnie te dwa obserwatoria stanowiły jedną całość o nazwie Mount Stromlo and Siding Spring Observatories. Wszystkie nowe teleskopy budowano odtąd tylko w placówce na Siding Spring.
W 1967 władze brytyjskie i australijskie zdecydowały o budowie wielkiego 3,9-metrowego Teleskopu Angielsko-Australijskiego (AAT). Na jego lokalizację wybrano właśnie Siding Spring.