Po upadku kampanii wrześniowej przedostał się do Francji, gdzie został zastępcą dowódcy wyszkolenia służby zdrowia Polskiego Wojska w Camp de Coëtquidan. Po upadku Francji ewakuował się do Wielkiej Brytanii, tam został zatrudniony w tajnym Instytucie Badań nad Gazami Bojowymi w Szkocji, równocześnie rozpoczął współpracę z Uniwersytetem w Edynburgu. Po powołaniu w 1941 Polskiego Wydziału Lekarskiego został kierownikiem Katedry Farmacji i jako profesor objął stanowisko starszego wykładowcy farmakologii ogólnej i doświadczalnej. Po cofnięciu uznania rządowi polskiemu na emigracji przez rząd brytyjski w lipcu 1945 wydział rozwiązano, Jerzy Bazyli Dekański podjął wówczas decyzję o pozostaniu w Wielkiej Brytanii, podjął wówczas pracę na Uniwersytecie Edynburskim przy laboratoryjnej syntezie leków oraz prowadził badania nad hormonami przysadki mózgowej, a także nad środkami zapobiegającymi przerostowi prostaty. Od 1950 równocześnie prowadził własny zakład farmakologiczny „Organon Laboratory”. Pozostał aktywny do dziewięćdziesiątego roku życia, podjął wówczas decyzję o powrocie do ojczyzny. Wznowił wówczas uprawnienia lekarskie, a także zaangażował się w działalność Warszawskiej Izby Lekarskiej oraz Kół SPSan i CWSan przy Wojskowej Akademii Medycznej.