W 2009 uzyskał mandat posła do Bundestagu, w tym samym roku powołany na sekretarza generalnego federalnych struktur FDP. Z tej ostatniej funkcji ustąpił w grudniu 2011 na skutek konfliktu wewnątrz ugrupowania. W 2012 został przewodniczącym Wolnej Partii Demokratycznej w Nadrenii Północnej-Westfalii. W wyborach regionalnych w tym samym roku prowadzone przez niego ugrupowanie uzyskało relatywnie dobry wynik (8,6%). Christian Lindner złożył wówczas mandat posła do Bundestagu, przechodząc do pracy w landtagu (mandat poselski utrzymał w 2017).
W grudniu 2013, trzy miesiące po wyborach federalnych, w których FDP nie przekroczyła wyborczego progu, zastąpił Philippa Röslera na stanowisku przewodniczącego partii. W wyniku wyborów w 2017 kierowana przez niego partia ponownie znalazła się w niższej izbie federalnego parlamentu, a jej lider został wybrany na deputowanego. W 2021 uzyskał mandat posła na kolejną kadencję.