Nagrody Order „Za Zasługi” (Ukraina) III stopnia (2000). List pochwalny Rady Najwyższej Ukrainy (2003), Rządu Ukrainy i Ministerstwa Zdrowia Ukrainy. Dyplom międzynarodowego rankingu „Gold Fortune” (2001). Wpisany do „Złotej Księgi elity Ukrainy” (2000). „Człowiek roku” obwodu tarnopolskiego (2001). Odznaka honorowa Federacji Związków Zawodowych Ukrainy „Za rozwój partnerstwa społecznego”. Profesor honorowy Uniwersytetu Karoliny Południowej (Stany Zjednoczone). Medal Srebrny Uniwersytetu Wrocławskiego. Medal Jubileuszowy Uniwersytetu Medycznego w Bratysławie (Słowacja).
Uhonorowanie 17 marca 2015 roku w Państwowym Uniwersytecie Medycznym w Tarnopolu otwarto muzeum Łeonida Kowalczuka. 1 października 2015 roku na fasadzie głównego budynku uniwersytetu odsłonięto tablicę pamiątkową, a w Klinice Chirurgii Szpitala Uniwersyteckiego w Tarnopolu – popiersieУ ТДМУ вшанували пам'ять Леоніда Ковальчука.. Imieniem Łeonida Kowalczuka zatytułowano czasopismo „”. W 2016 roku, w celu upamiętnienia Łeonida Kowalczuka, ustanowiono Order „Za Ratowanie Życia” imienia Łeonida Kowalczuka |Діана Олійник.