W 1949 po nieudanej akcji przejęcia pieniędzy z jednego z krakowskich banków zostali ujęci Stefan Balicki ps. „Bylina” i Stanisław Szajna ps. „Orzeł”. W związku z aresztowaniem towarzyszy w ręce funkcjonariuszy Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego oddał się również ks. Władysław Gurgacz, który 13 sierpnia 1949 został skazany w trybie doraźnym na karę śmierci przez sędziów Władysława Stasicę i Ludwika Kiełtykę. Wyrok wykonano 14 września 1949 przez rozstrzelanie w więzieniu przy ul. Montelupich w Krakowie. Stefan Balicki i Stanisław Szajna również zostali straceni.

Do ostatecznego rozbicia PPAN doszło w sierpniu 1949 w wyniku rozpracowania przez funkcjonariuszy MBP i wprowadzenia do organizacji dwóch agentów z których jeden Czesław Kowalewski ps. „Las” dokonał prowokacji inspirując akcję fałszywego przerzutu przez granicę. 13 sierpnia 1949 po przekroczeniu granicy Czechosłowackiej członkowie PPAN wpadli w zasadzkę pod Wyżnymi Rużbachami na Słowacji. W wyniku obławy zginęło wówczas dwóch członków PPAN, a Stanisław Pióro popełnił samobójstwo. Aresztowani członkowie organizacji zostali skazani na długoletnie więzienie np.