Pronaos i prowadzące do niego schody Resasco zbudował w 1835 roku, tuż przed śmiercią. 2 marca 1868 roku zakonnicy ponownie musieli opuścić klasztor.
W XIX wieku miały również miejsce wydarzenia podkreślające duszpasterską rolę bazyliki: 24 kwietnia 1898 roku arcybiskup Tomasz Reggio erygował parafię Santissima Annunziata i wezwał Franciszkanów do powrotu, którzy 30 maja 1901 roku ponownie pojawili się w murach świątyni. Arcybiskup Mons E. Pulciano 1 lipca 1904 erygował parafię okręgową.
XX wiek W latach 30. XX wieku rozpoczęto w świątyni prace konserwatorskie, które trwały aż do II wojny światowej. Wojna okazała się katastrofalna dla kościoła. Uszkodzone zostały jego dachy, a w konsekwencji freski oraz liczne kaplice z marmurowymi ołtarzami. Prace naprawcze podjęto bezpośrednio po wojnie, ale restauracja miała charakter częściowy. W 1988 roku Ministerstwo Kultury podjęło się dokończenia restauracji, konsolidując strefy zagrożenia i kontynuując uzupełnianie brakujących partii fresków, stiuków i dekoracji marmurowych.