5 września 1939 9 pac zakończył mobilizację i został przetransportowany do Warszawy, gdzie postanowiono o pozostawieniu go na miejscu jako część obrony odcinka „Warszawa-Zachód”. 8 września Dzianottowi powierzono dowództwo artylerii odcinka. Pułk walczył pod dowództwem Dzianotta aż do kapitulacji Warszawy. 29 września, przed opuszczeniem miasta, Adam Dzianott odznaczony został Krzyżem Walecznych oraz Krzyżem Złotym Orderu Virtuti Militari.
Jako jeniec wojenny Dzianott spędził kilka miesięcy w Oflagu IV B w Saksonii. Następnie przeniesiony został do Oflagu VII A w Murnau am Staffelsee, gdzie spędził resztę wojny. W kwietniu 1945 oflag wyzwoliły wojska amerykańskie. Dzianott uzyskał przydział do Polskich Sił Zbrojnych, i został zastępcą dowódcy bazy kwatermistrzowskiej 2 Korpusu. Po dwóch latach, w związku z rozwiązaniem Polskich Sił Zbrojnych, powrócił do Polski.