Latem 1939 został ponownie zmobilizowany. Podczas kampanii wrześniowej pełnił funkcję komendanta obozu jenieckiego w Warszawie. Po kapitulacji stolicy powrócił do Poznania. Tam, wiosną 1940 rozpoczął działalność konspiracyjną w Związku Walki Zbrojnej. Od kwietnia do września 1941 pełnił funkcję Komendanta Inspektoratu Rejonowego Poznań–Miasto ZWZ (kryptonim „Delta”). Aresztowany przez gestapo we wrześniu 1941, został osadzony w poznańskim Forcie VII. Został zamordowany przez Gestapo w okolicach Poznania, najprawdopodobniej 7/8 lipca 1942 roku.
Rodzina 8 lutego 1909 roku zawarł związek małżeński z Magdaleną Handschuh (ur. 9 czerwca 1895), z którego miał troje dzieci: Alfreda (1912–1940), Florentynę (ur. 14 kwietnia 1917) i Jana Henryka (ur. 8 stycznia 1918).
Porucznik piechoty Alfred Bernard Henryk Namysł został zamordowany w Charkowie. 5 sierpnia 1933 roku Prezydent RP Ignacy Mościcki mianował go podporucznikiem ze starszeństwem z 15 sierpnia 1933 roku i 85. lokatą w korpusie oficerów piechoty, a minister spraw wojskowych wcielił do 65 pułku piechoty w Grudziądzu.