Również od Herodota wiemy, że po trzecim zwycięstwie Kimona, odniesionym już wówczas, kiedy Pizystrat nie żył (czyli zapewne w 528 roku p.n.e.), synowie tyrana, którzy obecnie rządzili - Hippiasz i Hipparchos nakazali zabójstwo Kimona. Zabito go pod osłoną nocy niedaleko prytanejonu. Młodzi Pizystradzi, którzy dopiero co objęli władze rzekomo bali się rosnących politycznych wpływów przywódcy arystokratycznego rodu Filajdów. Herodot dalej podaje, że Kimon został pochowany za miastem, na drodze zwanej "Przez Wąwóz", a naprzeciw niego pochowano jego niezwykłe konie.
Aleksander Krawczuk podaje w wątpliwość winę Pizystradów w zabójstwie Kimona. Twierdzi on, że młodzi władcy raczej nie popełniliby tak wielkiego ryzyka - w końcu Kimon był popularnym obywatelem Aten, a jego ród cieszył się szacunkiem również u ich ojca. Wysuwa on tezę, że Herodot podał taką wersję, ponieważ działał pod kierownictwem Alkmenoidy Peryklesa i z tej racji nie cierpiał tyranii, a więc także obwiniał ją o wszystkie złe rzeczy, które działy się wówczas w Atenach. Krawczuk twierdzi, że mord na Kimonie mógł dotyczyć zupełnie innych niż politycznych spraw: prywatnych utarczek albo był to zwykły mord rabunkowy.