Po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 roku dostał się do niewoli sowieckiej i osadzono go w obozie jenieckim w Kozielsku. Wiosną 1940 roku został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w lesie katyńskim i tam pogrzebany, gdzie po 60 latach otwarto Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W czasie ekshumacji przeprowadzonej w 1943, odnaleziono jego dowód osobisty, list i kartę szczepień, a zwłoki oznaczono numerem 87. Figuruje na liście wywózkowej z 2 kwietnia 1940.
Marcin Andziak był żonaty z Bronisławą z domu Simon, z którą miał trzy córki: Krystynę, Blandynę i Bronisławę.
Upamiętnienie
4 października 2007 roku Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji Władysław Stasiak mianował go pośmiertnie na stopień komisarza Policji PaństwowejDecyzja Nr 89 Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 4 października 2007 roku nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MSWiA., a awans został ogłoszony 10 listopada 2007 roku w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.