W 1843 cały kompleks monasterski został odremontowany, zaś w 1857, pod kierunkiem przełożonego klasztoru Stefana, odnowiono zniszczony klasztor skalny. W 1883 zbudowano drugą cerkiew w stylu mołdawskim pod wezwaniem Narodzenia Matki Bożej. Na początku XX w. klasztor był ponownie remontowany, zaś po 1918, w Rumunii, monaster zmieniono na klasztor żeński. W 1957 przebywające w monasterze mniszki i posłusznice przewieziono do innych wspólnot, a klasztor Saharna oddano mnichom z monasteru Nowy Wałaam w Finlandii, którzy wyrazili chęć przeniesienia się do ZSRR.
W 1964 monaster został zamknięty i zaadaptowany na szpital psychiatryczny. Znajdujące się w głównej cerkwi ikony zostały z niej wywiezione i nie przetrwały, budowle sakralne uległy dewastacji. Restytucja wspólnoty miała miejsce w 1991. Do monasteru wróciło wówczas kilka mniszek, podjęto prace konserwatorskie i remontowe. Pierwotnych fresków w głównej cerkwi klasztornej nie udało się uratować, toteż Vladimir Lazar wykonał na ich miejscu nowe kompozycje. Do wnętrza cerkwi wstawiono również nowy ikonostas. Na wyposażeniu obiektu sakralnego pozostaje szereg zabytkowych ikon z XVIII i XIX w.