Jedyne jak dotąd opisane metanotrofy fakultatywne należą do gatunków Methylocella i Methylocystis.

Metanotrofy są często nazywane bakteriami utleniającymi metan, co wiąże się z nieścisłością w nazewnictwie, ponieważ termin ten jest także używany do opisu innych mikroorganizmów, które nie są wyłącznie metanotrofami. Z tego powodu bakterie utleniające metan zostały podzielone na cztery podgrupy: dwie grupy bakterii asymilujących metan (MAB) - metanotrofy oraz dwie grupy autotroficznych bakterii nitryfikacyjnych (AAOB)B. PODLASKA, S. RUSSEL. CHARAKTERYSTYKA BAKTERII NITRYFIKACYJNYCH I ICH ROLA W OBIEGU AZOTU (Pdf) [dostęp 20.10.2016].

Właściwości Zdolność usuwania przez metanotrofy niektórych zanieczyszczeń środowiska, takich jak węglowodory chlorowane, sprawiła, że są one uważane za atrakcyjny czynnik w procesie bioremediacji. Metan jest także ważnym gazem cieplarnianym, a metanotrofy odgrywają istotną rolę w redukcji emisji tego gazu do atmosfery ze środowisk takich jak pola ryżowe, składowiska odpadów, torfowiska, bagna i mokradła;