W czasie kampanii wrześniowej w nieznanych okolicznościach dostał się do niewoli sowieckiej. Przebywał w obozie jenieckim w Kozielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w lesie katyńskim i tam pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W czasie ekshumacji przeprowadzonej przez Niemców w 1943, odnaleziono przy nim wizytówki, kartę na broń, fotografie i zegarek kieszonkowy, a zwłoki oznaczono numerem 1722. Figuruje na liście wywózkowej z 3 kwietnia 1940.
Jan Banaszewski był żonaty z Romualdą Szłapkówną, z którą miał córkę Wiktorię.5 października 2007 minister obrony narodowej Aleksander Szczygło mianował go pośmiertnie na stopień majoraDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON..