Na emeryturze mieszkał w Warszawie przy Alei 3 Maja 16. 26 kwietnia 1931 został wybrany wiceprezesem Polskiego Związku Łyżwiarskiego. Pełniąc tę funkcję został wyznaczony sędzią głównym zawodów Mistrzostw Europy w łyżwiarstwie figurowym zaplanowanych na 3–6 lutego 1939 w Zakopanem. Po zakończeniu II wojny światowej był nauczycielem Technikum Górniczego w Rybniku (obecnie Zespół Szkół Technicznych). Zmarł 25 stycznia 1954 roku w Rybniku.
Stefan Witkowski był żonaty z Amelią Czerny-Breyl, z którą miał jedno dziecko.
Ordery i odznaczenia Złoty Krzyż Zasługi (19 marca 1931) „za zasługi na polu rozwoju sportu”. Order Korony Żelaznej 3 klasy z dekoracją wojenną i mieczami (Austro-Węgry) Krzyż Zasługi Wojskowej 3 klasy z dekoracją wojenną i mieczami (Austro-Węgry) Srebrny Medal Zasługi Wojskowej Signum Laudis z mieczami na wstążce Krzyża Zasługi Wojskowej (Austro-Węgry) Brązowy Medal Zasługi Wojskowej Signum Laudis z mieczami na wstążce Krzyża Zasługi Wojskowej (Austro-Węgry) Brązowy Medal Zasługi Wojskowej Signum Laudis na czerwonej wstążce (Austro-Węgry) Krzyż Wojskowy Karola (Austro-Węgry) Brązowy Medal Jubileuszowy Pamiątkowy dla Sił Zbrojnych i Żandarmerii (Austro-Węgry) Krzyż Jubileuszowy Wojskowy (Austro-Węgry) Krzyż Pamiątkowy Mobilizacji 1912–1913 (Austro-Węgry) Medal Pamiątkowy Bośniacko-Hercegowiński