XIX wiek Koniec XVIII wieku oznaczał także koniec Republiki Genui, jej dobrowolne przyłączenie się do napoleońskiej Francji jako Demokratycznej Republiki Ligurii oraz okres napoleoński w jej dziejach. Wydarzenia te odcisnęły też swoje piętno na życiu kościoła, choć nie dotknęła go bezpośrednio przechodząca przez miasto fala antyklerykalizmu, wywołana czynnikami bardziej politycznymi niż religijnymi, która doprowadziła do likwidacji wielu zakonów oraz zniesienia szeregu kościołów i klasztorów, w tym zwłaszcza kościoła San Domenico na obecnym Piazza De Ferrari oraz kompleksu San Francesco di Castelletto. W 1815 roku decyzją kongresu wiedeńskiego Genua została włączona do Królestwa Sardynii. 16 kwietnia tego samego roku wizytę w kościele złożył powracający z przymusowej emigracji we Francji do Rzymu papież Pius VII. Podejmowany przez ówczesnego prepozyta kapituły Antonia Podestà, odprawił mszę i spożył posiłek w klasztorze, po czym przyznał kanonikom przywilej noszenia czerwonego mucetu, a trzy lata później nadał kościołowi inne przywileje duchowe i kanoniczne, w tym przywilej odpustu zupełnego, udzielanego przy ołtarzu Madonny.