Organogeneza w kulturach kalusa podlega regulacji przez hormony roślinne w pożywce. Przykładowo u cykorii auksyna w niskich stężeniach (1 mg kwasu indolilooctowego/dm3) hamuje rozwój pędów, w wyższych (10 mg/dm3) pobudza wzrost korzeni, aż wreszcie przy wysokim stężeniu (100 mg/dm3) hamuje całkowicie organogenezę i stymuluje jedynie rozrost kalusa. Organogeneza w kulturach kalusa tytoniu szlachetnego regulowana jest głównie proporcją auksyn do cytokinin. Duży udział cytokinin powoduje tworzenie się pędów; duży udział auksyn – korzeni. Nie u wszystkich jednak gatunków roślin występują takie zależności.
Zastosowanie roślinnych kultur in vitro mikrorozmnażanie – rozmnażanie wegetatywne roślin z użyciem kultur . Ze względu na wysokie koszty produkcji technika ta jest stosowana głównie do drogich roślin ozdobnych, cennych materiałów hodowlanych i gatunków zagrożonych wyginięciem, w przypadku kiedy nie istnieją skuteczniejsze metody rozmnażania wegetatywnego, a kwitnienie i owocowanie roślin następuje nawet po kilkudziesięciu latach. Do mikrorozmnażania służą eksplantaty wierzchołkowe lub odcinki łodygi z merystemem lub pąkiem kątowym. uwalnianie roślin od wirusów i innych patogenów – stosuje się w tym celu kulturę wierzchołków i pąków bocznych pędu, używając bardzo małych fragmentów (zazwyczaj poniżej 1 mm).