Często trzon jest w nasadzie korzeniasty z białymi ryzomorfami i porośnięty białymi włoskami. Miąższ Tej samej barwy co powierzchnia kapelusza. Ma słaby grzybowy zapach i smak. Cechy mikroskopowe Wysyp zarodników biały. Zarodniki gładkie, eliptyczne i prawie cylindryczne, amyloidalne, o rozmiarach 3–4 × 1,5–2 μm. Pleurocystydy i cheilocystydy zgrubiałe, wrzecionowate, o długości do 40 μm i szerokości do 10 μm. Pleurocystydy rzadkie, cheiolocystydy obfite. Strzępki skórki o szerokości 4–14 μm, słabo wybarwione. Gatunki podobne Na szyszkach występują w Polsce 3 gatunki szyszkówek: szyszkówka świerkowa (Strobilurus esculentus), szyszkówka tęporozwierkowa (Strobilurus stephanocystis) i szyszkówka gorzka (Strobilurus tenacellus). Występują głównie wiosną. Pieniążniczka szyszkowa odróżnia się od nich gęsto oprószonym trzonem, gęstymi blaszkami, mniejszymi rozmiarami, przeważnie jaśniejszą barwą oraz amyloidalnymi zarodnikami i cienkościennymi cheilocystydami.
Na szyszkach występuje także grzybówka wiosenna (Mycena strobilicola). Pojawia się wiosną.