Podstawową funkcją stacji jest działalność naukowa, choć w niektórych okresach udostępniano w niej miejsca noclegowe turystom. Historia Część zabudowań stacji powstała w latach 1932–1938 jako pensjonat „Kurhaus Nikolaiken” prowadzony przez mikołajskiego handlowca Rudolfa Bomboscha. W 1945 roku pensjonat stał się własnością jeszcze prywatnej Akademii Nauk Politycznych, upaństwowionej rok później, funkcjonując od tego czasu jako miejsce organizowania bratniakowych obozów dla jej studentów. W 1949 roku ośrodek przejęło Akademickie Zrzeszenie Sportowej.
Decyzję o konieczności powołania stacji hydrobiologicznej na Pojezierzu Mazurskim podjęli biolodzy na konferencji w Kuźnicach w styczniu 1951 roku. Po dyskusji zadecydowano o takiej lokalizacji, promowanej przez Jana Dembowskiego, zamiast restytucji przedwojennej Stacji Hydrobiologicznej na Wigrach. 15 września 1951 roku (protokół przekazania podpisano 18 września) w tym celu Instytut Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego PAN przejął znajdujący się pod Mikołajkami Studencki Ośrodek Sportowy Zarządu Ośrodków Akademickich. Pierwszy personel stacji w 1952 roku tworzyło 6 osób – Andrzej i Wanda Szczepańscy jako pracownicy naukowi, a pozostali jako laboranci i pracownicy fizyczni.