W hodowli tworzy się warunki korzystne dla wzrostu pożądanego mikroorganizmu. Przykładowo podgrzanie próbek do temperatury powyżej 100 °C daje możliwość wyselekcjonowania bakterii przetrwalnikujących, a stosując etanol jako główne źródło węgla i dobre natlenienie, stwarza się sprzyjające warunki dla bakterii z rodzaju Acetobacter (bakterii kwasu octowego). Warunki takie uniemożliwiają lub utrudniają wzrost innych bakterii, co umożliwia selekcję.
Szczególnie przydatne w biosyntezie metabolitów mogą być auksotrofy, np. z przerwanym łańcuchem syntezy jakiegoś pośredniego metabolitu. W ten sposób osiągnąć można nadprodukcję innego metabolitu pośredniego.
Metody doskonalenia szczepów Wyróżnia się klasyczne metody ulepszania szczepów, obejmujące mutagenezę, selekcję, hybrydyzację naturalną, fuzję protoplastów, oraz nowoczesne, które wykorzystują techniki inżynierii genetycznej.