Przekazane bataliony przekształcono w bataliony celne nr 22 do 33. Pod względem wojskowym przeorganizowana formacja, została podporządkowana Ministerstwu Spraw Wojskowych, w innych sprawach poprzez Główną Komendę Batalionów Celnych – Ministerstwu Skarbu. Od dnia 13 czerwca 1921 roku na granicy polsko–niemieckiej, polsko–czechosłowackiej, granicy z Wolnym Miastem Gdańskiem oraz na wybrzeżu morskim służbę pełniły 33 bataliony celne. Ze względu na odmienną sytuację polityczną na granicy wschodniej i północno– wschodniej, do lipca 1922 roku, jej ochronę pozostawiono w rękach dotychczasowych władz wojskowych. Żołnierze batalionów celnych nosili umundurowanie obowiązujące w Wojsku Polskim, a na zewnętrznej stronie lewego rękawa naszywki rozpoznawcze z jasnozielonego sukna w kształcie prostokąta.
Bataliony Celne podlegały w zasadzie Ministerstwu Skarbu, ale sprawy dyscyplinarne były nadal w kompetencji dowództw okręgów generalnych. DOG-i miały także obowiązek przydzielenia batalionom pomieszczeń, zaopatrzenia żołnierzy, zapewnienie opieki lekarskiej i weterynaryjnej. Środki finansowe zapewniało Ministerstwo Skarbu. Przekazanie batalionów celnych MSWojsk.