Obejmowała obszar województw: nowogródzkiego, poleskiego, tarnopolskiego i wołyńskiego. Każde województwo stanowiło jeden odcinek oznaczony numerem rzymskim. Te dzieliły się na pododcinki–powiaty.
Wydana została przez Ministrów Spraw Wewnętrznych, Spraw Wojskowych oraz Skarbu Instrukcja dla Baonów Celnych, dotycząca podporządkowywała pod względem dyspozycyjnym i służbowym Baony Celne ochraniające wschodnie granice państwa wyłącznie Ministerstwu Spraw Wewnętrznych poprzez podległe mu organy administracyjne I i II instancji. Stacjonująca w Warszawie Główna Komenda Baonów Celnych, ze względu na duże odległości, utraciła zdolność wykonywania postawionych przed nią zadań związanych między innymi z przeprowadzaniem kontroli.
W skład batalionów celnych wchodziły przydzielone z Armii oddziały konne. Pod względem dyspozycyjnym, służby, dyscypliny, zaprowiantowania i poborów podlegały one dowódcom batalionów celnych. W innych sprawach decyzje podejmowali dowódcy jednostek.