Sezon 2016/17 był dla Manchesteru United 25. sezonem w Premier League i 42. sezonem z rzędu w najwyższej klasie rozgrywkowej w Anglii.
Przed sezonem 2016/17 Manchester United, po zwolnieniu z funkcji menadżera Louisa van Gaala, zatrudnił José Mourinho.
Sezon rozpoczął się 7 sierpnia 2016 roku meczem o Tarczę Wspólnoty przeciwko Leicester City wygranym przez Manchester United 2:1.
26 lutego 2017 roku Manchester United wygrał Puchar Ligi, w finale pokonując 3:2 Southampton.
13 marca 2017 roku Manchester United odpadł w 1/4 Pucharu Anglii, przegrywając z Chelsea 1:0.
Sezon w Premier League Manchester United zakończył na 6. pozycji.
24 maja 2017 roku Manchester United sięgnął po raz pierwszy w historii po puchar Ligi Europy, pokonując w finale 2:0 AFC Ajax.